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廣東省微生物研究所前身為中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日經(jīng)國家科委批準成立，1972年改為現(xiàn)名，隸屬于廣東省科學院。擁有2013年5月獲批的省部共建華南應用微生物國家重點實驗室、1987開始建設(shè)并運行的廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和2005年建設(shè)的廣東省微生物應用新技術(shù)公共實驗室；依托該所的廣東省食品安全檢測與評價科技創(chuàng)新平臺已經(jīng)搭建；在廣東省材料檢測與評價科技創(chuàng)新平臺中建設(shè)的生態(tài)毒理和生物安全評價實驗室已經(jīng)完成全部建設(shè)內(nèi)容并投入運營；廣州國家生物產(chǎn)業(yè)基地生物新技術(shù)及產(chǎn)品研究開發(fā)和測試公共實驗中心已獲國家發(fā)改委立項支持，并于2011年完成驗收投入使用。廣東省微生物學會、廣東省食用菌行業(yè)協(xié)會、廣東省生物技術(shù)生產(chǎn)力促進中心、廣東省食用菌產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢驗站均掛靠該所。研究所的重點科研領(lǐng)域為微生物資源多樣性與前期開發(fā)、微生物生態(tài)與環(huán)境污染控制、微生物危害及其檢測與控制、微生物分子育種及生物轉(zhuǎn)化、食藥用菌生物技術(shù)與人類健康五個方面。目前所內(nèi)已形成資源微生物學、環(huán)境微生物學、分析微生物學和霉腐微生物學等四個優(yōu)勢學科，具有博士研究生和碩士研究生培養(yǎng)能力，2010年獲人力資源和社會保障部批準建設(shè)博士后科研工作站。廣東省微生物研究所的科技業(yè)務工作主要有科技創(chuàng)新、行業(yè)共性關(guān)鍵技術(shù)及科技服務和成果轉(zhuǎn)移與轉(zhuǎn)化三個方面，其中科技創(chuàng)新主要依托省部共建華南應用微生物國家重點實驗室、廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和廣東省微生物應用新技術(shù)公共實驗室；行業(yè)共性關(guān)鍵技術(shù)及科技服務主要依托廣東省微生物分析檢測中心、廣東省食用菌產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢驗站和國家廣州化學品生態(tài)環(huán)境安全評價服務中心；成果轉(zhuǎn)移與轉(zhuǎn)化載體主要依托廣州國家生物產(chǎn)業(yè)基地生物新技術(shù)及產(chǎn)品研究開發(fā)和測試公共實驗中心以及食用菌研究發(fā)展中心、微生物檢測新技術(shù)研究發(fā)展中心、微生物工程研究發(fā)展中心及環(huán)境微生物研究發(fā)展中心等四個科研、開發(fā)、推廣應用一體化的研究發(fā)展中心。依托于我所的廣東省菌種保藏與應用重點實驗室在2000年、2003年、2006年和2010年連續(xù)四次被評為廣東省優(yōu)秀重點實驗室；廣東省微生物應用新技術(shù)公共實驗室2008年以優(yōu)異成績通過廣東省科技廳的驗收；在廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和廣東省微生物應用新技術(shù)公共實驗室的基礎(chǔ)上組建的廣東省華南應用微生物重點實驗室2009年獲科技部批準組建省部共建國家重點實驗室培育基地，2012年4月通過科技部組織的專家驗收，2013年3月通過科技部組織的專家論證，成功晉升為省部共建華南應用微生物國家重點實驗室。目前實驗室擁有實驗面積4750平方米，包括公共實驗室、大型儀器室、華南微生物資源中心（包括標本庫和菌種保藏中心）、環(huán)境微生物實驗室、微生物檢測與控制實驗室、霉腐微生物實驗室、食藥用菌生理功能及分子機理實驗室、工業(yè)化前期實驗室等；擁有各類儀器設(shè)備236臺套，儀器設(shè)備原值3680萬元，其中30萬元以上設(shè)備36臺套，包括流式細胞儀、透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、全自動發(fā)酵罐、凝膠成像儀、各類PCR儀、超高效液相色譜儀、微生物電解呼吸儀、質(zhì)譜聯(lián)用儀、氣相色譜儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜儀、高性能三重串聯(lián)四級桿液質(zhì)聯(lián)用系統(tǒng)、石墨爐原子吸收光譜儀、高速冷凍離心機、全自動微生物鑒定系統(tǒng)等，以上設(shè)備大部分是2008年以來購置，整體儀器設(shè)備達到國際先進水平，以上實驗室及設(shè)備完全具備了分子水平、細胞水平及基因水平的研究要求。建所以來，在科研項目方面，先后承擔了國家973計劃項目、國家“863”計劃項目、國家重大科技攻關(guān)項目、國家科技支撐項目、國家自然科學基金項目、農(nóng)科成果轉(zhuǎn)化項目、國家科技型中小型企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新基金項目、國家生物高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)化示范工程項目、廣東省教育部產(chǎn)學研項目、粵港招標項目和省基金團隊項目、省科技創(chuàng)新百項工程項目、省自然科學基金項目、省重大重點科技攻關(guān)項目及科技援藏項目、廣州市重大重點科技項目等重大重點科技項目；在標準制定方面，主持和參與七十多個國家、行業(yè)和地方標準制修訂項目；在科技成果方面，共取得科技創(chuàng)新成果142項，其中國際先進、領(lǐng)先水平的60項；獲得國家及省部級成果獎108項，其中國家級成果獎6項、省部級一等獎12項；在專利申請方面，共申請專利287件，其中發(fā)明專利272件，授權(quán)專利162件，其中發(fā)明專利147件。在國內(nèi)外核心學術(shù)刊物發(fā)表論文1800多篇，出版科技專著36部。